Le regioni “enhancer” influenzano lo stato di espressione di un gene. Sono quindi degli interruttori di controllo per la regolazione fine dei geni. Nella maggior parte dei casi, queste regioni sono molto distanti dai geni che controllano. Inoltre un singolo interruttore puo’ controllare molti geni. Come prima cosa cerchero’ di collegare gli enhancers (gli interruttori) ai loro geni bersaglio. Dopodiche’ cerchero’ di definire se mutazioni all’interno di queste regioni possono essere usate per meglio classificare i pazienti di tumore al seno, con l’obiettivo nel lungo termine di definire approcci terapeutici piu’ specifici o personalizzati.
Titolo del Progetto
Identificazione di mutazioni in regioni “enhancer” come marcatori prognostici per la stratificazione di pazienti con tumore al seno.
Ambito di ricerca
Il mio ambito di ricerca e’ la biologia computazionale. E’ un campo all’intersezione tra informatica e biologia. Parto da specifiche domande biologiche e analizzo grandi quantità di dati ottenuti da sequenze di DNA, per cercare pattern rilevanti nei dati.
Focus
Le regioni “enhancer” influenzano lo stato di espressione di un gene. Sono quindi degli interruttori di controllo per la regolazione fine dei geni. Nella maggior parte dei casi, queste regioni sono molto distanti dai geni che controllano. Inoltre un singolo interruttore può controllare molti geni. Come prima cosa cercherò di collegare gli enhancers (gli interruttori) ai loro geni bersaglio. Dopodiché cercherò di definire se mutazioni all’interno di queste regioni possono essere usate per meglio classificare i pazienti di tumore al seno, con l’obiettivo nel lungo termine di definire approcci terapeutici più specifici o personalizzati.
Gruppo di lavoro
Lavoro nel gruppo guidato da Francesco Ferrari a IFOM, l’Istituto FIRC di Oncologia Molecolare, a Milano. Il gruppo si occupa di biologia computazionale, focalizzato sullo studio della regolazione epigenetica e trascrizionale del genoma. Il gruppo e’ soprattutto esperto e interessato al ruolo dell’organizzazione tri-dimensionale della cromatina nella regolazione della trascrizione e delle modifiche epigenetiche.
Attualmente siamo 4 membri del gruppo, ma altri student si uniranno nell’anno nuovo. Il gruppo e’ supportato da un AIRC Startup Grant, oltre che da altri finanziamenti.
Biografia
Sono nato a Calcutta, una grossa citta’ nella parte orientale dell’India. Negli ultimi 11 anni, nel corso dei miei studi, ho viaggiato e mi sono mescolato a persone di diverse culture e lingue, attraverso tutto il sub-continente indiano prima, e in Italia ed Europa negli ultimi 3 anni. Ho una bachelor e una master degree
(laurea di primo e secondo livello) in scienze, con specializzazione in biotecnologie. Attualmente sono student nel programma di dottorato SEMM (Scuola Europe di Medicina Molecolare), un programma di dottorato dell’Università di Milano, gestito da un consorzio che include IFOM e altri centri di ricerca. Non sono sposato, ma lo scorso 24 dicembre 2017 ho celebrato il fidanzamento ufficiale con Henna, la mia fidanzata. Anche lei è una scienziata e PhD student.
Perché ho scelto la ricerca
Quando frequentavo la scuola media ho perso una persona molto cara e vicina a me. In quel periodo avevo tante tante domande per cui nessuno sapeva le risposte. Le conoscenze in materia semplicemente non esistevano ancora. E’ allora che ho deciso di voler contribuire all’avanzamento della medicina.
Risultati raggiunti
In relazione al mio progetto, ho già sviluppato il prototipo di uno strumento informatico capace di identificare coppie di “enhancer” (gli interruttori) e geni bersaglio. Per ottenere le informazioni sulle mutazioni, analizzerò dati pre-esistenti su sequenze genomiche di centinaia di pazienti. A questo riguardo abbiamo già impostato un protocollo per l’automazione dell’analisi dei dati.
Il ruolo di AIRC
Il mio gruppo di ricerca è supportato da un AIRC startup grant, e anche la mia prima pubblicazione scientifica al IFOM, è stata possibile grazie al supporto di AIRC.
La mia giornata in laboratorio
Normalmente lavoro molte ore al giorno. I membri del mio gruppo sono molto amichevoli, ma visto che lavoriamo al computer perlopiù individualmente, di solito pranziamo assieme ed e’ in questa occasione che parliamo del più e del meno. Purtroppo uno svantaggio/vantaggio di lavorare nel campo della biologia computazionale e’ che mi basta un computer per lavorare. Quindi capita di portare a casa problemi irrisolti e di continuare a pensare e lavorarci anche nel tempo libero da casa. Vorrei andare più spesso in palestra, ma più di 3 volte la settimana non riesco.
I miei interessi fuori dal laboratorio
Mi piace fare esperimenti in cucina e scrivere (sia prosa che poesia) nel tempo libero. Mi piace anche andare a correre qualche volta.